SD Muhammadiyah Karangkajen berdiri pada tanggal 18 November 1918. Semenjak berdiri sampai sekarang mengalami perkembangan yang cukup baik, diantaranya :
- SD Muhammadiyah Karangkajen I lokasi Jl. Menukan No.2 Yogyakarta
- SD Muhammadiyah Karangkajen II lokasi Jl. Menukan No.2 Yogyakarta
- SD Muhammadiyah Karangkajen III menjadi SD Muhammadiyah Danunegaran alamat Jl. Parangtritis Yogyakarta
- SD Muhammadiyah Karangkajen IV lokasi Salakan Bangunharjo Sewon Bantul
- SD Muhammadiyah Jogokaryan Yogyakarta
- SD Muhammadiyah Pakel lokasi di Pakel Umbulharjo Yogyakarta
- SD Muhammadiyah Suryowijayan lokasi di Jl. Wachid Hasyim Yogyakarta
